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Très vite ils obtiennent de la cathédrale un dépoussiérage et un accord général de l’instrument, tandis que les discussions vont bon train au Ministère de la Culture sur le devenir du grand orgue, la question de sa restauration (et de son agrandissement) ayant été posée par Pierre Cochereau dès 1972 et par Norbert Dufourcq avant 1980. Un projet, établi par Pierre Cochereau et Norbert Dufourcq (1982), n’avait pu voir le jour.
De nombreuses options sont alors envisagées :
Aucun de ces projets ne fait l’objet d’un consensus des commissions nationales et finalement les titulaires du grand orgue, en plein accord avec la cathédrale et le technicien-conseil du Ministère de la Culture, Jean-Pierre Decavèle, proposent une restauration complète de l’orgue sur les bases suivantes :

A la suite d’un appel d’offres international, le marché est attribué à un groupement de facteurs d’orgues piloté par Jean-Loup Boisseau et son associé Bertrand CATTIAUX avec Philippe Emeriau, Michel Giroud et la société Synaptel pour l’informatique.
La restauration de l’orgue de Notre-Dame réunit pour la première fois deux mondes jusque-là étrangers l’un à l’autre : la facture d’orgue et l’informatique. D’une part un artisanat de haut niveau, celui d’un pays dont le patrimoine organistique est très riche et où la politique de restauration des orgues anciens poursuivie depuis un quart de siècle tant par l’État que par les collectivités territoriales a permis de former des facteurs d’une compétence internationalement reconnue. D’autre part, le monde des ingénieurs, intégrateurs de systèmes informatiques dans les industries de pointe, aéronautique, astronautique ou télécommunications.
Les travaux, commencés en mai 1990, s’achèvent en novembre 1992. L’orgue, béni par le Cardinal Jean-Marie Lustiger, Archevêque de Paris, est inauguré en décembre en présence du Ministre la Culture. Une série de concerts par les titulaires rassemble cinquante mille personnes en une semaine.

Le grand orgue de Notre-Dame de Paris est, plus encore aujourd’hui qu’autrefois, un acteur de la vie liturgique et musicale de la cathédrale. Si Louis Vierne, Pierre Cochereau, avec le concours de leurs suppléants, assuraient chaque dimanche et fêtes deux messes le matin et les vêpres l’après-midi, les titulaires du grand orgue assurent depuis plus de vingt ans un service dominical de six offices (cinq messes et les vêpres) auxquels s’ajoutent en semaine les fêtes propres à Notre-Dame de Paris ainsi que des cérémonies nationales.
Témoin de l’histoire d’un pays qui se confond bien souvent avec celle de la cathédrale, le grand orgue de Notre-Dame de Paris semble veiller, du haut de sa tribune séculaire, sur la nef de la cathédrale et les millions de pèlerins et visiteurs qui chaque année se rendent dans ce haut lieu de spiritualité. Et lorsqu’il s’éveille le dimanche matin à la fin des Laudes, il fait alors chanter les pierres et, tel la rose qu’il abrite, il s’éclot dans le soleil levant.